ニホンイシガメの生息状況や減少要因を明らかにするために、長期的な標識再捕獲調査に取り組んでいます。これまでに、ニホンイシガメの推定個体数が激減するとともに、その原因として商業目的の乱獲や特定外来生物アライグマによる捕食の影響が見えてきました。加えて、外来種のクサガメによる繁殖干渉や遺伝的攪乱による影響も受けていることから、これら外来種に対する防除を中心とした保全対策を進めています。今後、ニホンイシガメの減少傾向を早期に食い止めるとともに、将来的には個体数を環境収容力まで回復させることを目指しています。